Su segunda película, «Wandafuru raifu» / «After Life» (1998), una original fusión de cine fantástico con técnicas documentales, no hizo sino confirmar su talento tras su estreno en el Festival de San Sebastián. El Festival de Cannes acogió sus siguientes trabajos: «Distance» (2001), una poética indagación acerca del atentado perpetrado en 1995 por la secta Aum Shinrikyo, fue seleccionada para competir en la Sección Oficial, mientras que su primera y bella incursión en el mundo de la infancia, «Dare mo shiranai» / «Nobody Knows» («Nadie sabe», 2004), le valió a uno de sus protagonistas, Yagira Yuya, el Premio al Mejor Actor.
Aunque Kore-eda es uno de los grandes cronistas de la vida en el Japón contemporáneo, con «Hana yorimo naho» / «Hana» (2006) realizó una incursión en el cine histórico y las películas de samuráis, aunque siempre desde una óptica muy personal que rompía las convenciones del género con su mensaje humanista. Esta película compitió en la Sección Oficial del Festival de San Sebastián, al igual que su emotivo retrato de las relaciones familiares «Aruitemo auritemo» / «Still Walking» (2008).
«Kûki ningyô» / «Air Doll» (2009), que tuvo su premiere en la sección Un Certain Regard del Festival de Cannes, supuso otro sorprendente giro en su carrera al narrar una historia de ciencia-ficción que nunca perdía de vista la eterna preocupación del director por los sentimientos humanos. En los últimos años, Kore-eda ha seguido privilegiando su interés por la familia y la infancia, a través de una serie de sensibles dramas acerca de la memoria, la pérdida y la agridulce experiencia que supone el simple hecho de vivir, todos ellos estrenados en festivales internacionales: «Kiseki» / «I Wish» («Milagro», 2011), por la que obtuvo el Premio al Mejor Guión en el Festival de San Sebastián; «Soshite chichi ni naru» / «Like Father, Like Son» («De tal padre, tal hijo», 2013) y «Umimachi Diary» / «Our Little Sister» («Nuestra hermana pequeña», 2015)¸ que tuvieron ambas su premiere en la Sección Oficial del Festival de Cannes; «Umi yori mo mada fukatu» / «After the Storm» («Después de la tormenta», 2016), presentado en la sección Un Certain Regard del Festival de Cannes; y el drama judicial «Sandome no satsujin» / «The Third Murder» («El tercer asesinato», 2017), que compitió en el Festival de Venecia.
Considerado como el heredero del mítico Yasuhiro Ozu, el cineasta japonés ha afianzado su carrera gracias a su continua indagación sobre la familia. En 2018 gana la Palma de Oro del Festival de Cannes por «Un asunto de familia» («Shoplifters») y se le concede el Premio Donostia del Festival Interbacional de Cine de San Sebastián en reconocimiento a su trayectoria.