Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra sin que nadie lo adivinase. Los Hombres de Negro, dos agentes encargados de controlar a los alienígenas, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad. K (Tommy Lee Jones) es uno de ellos, cuya misión es controlar el flujo de extraterrestres de todo tipo que entran y salen de nuestro planeta. Son extraterrestres que vienen a ganarse la vida, como cualquier humano. Para que pasen desapercibidos, los hombres de negro les proporcionan una identidad humana. De manera fortuita, un joven decidido, J (Will Smith), es reclutado para formar parte de esta organización. J y K forman un buen equipo en el que se combina la experiencia con la decisión y la audacia. Pero no todos los extraterrestres tienen buenas intenciones. Descubren un plan alienígena para causar daño a la humanidad. Entre los inmigrantes extraterrestres, han detectado a algunos ilegales. A J y K no les queda más remedio que enfrentarse a ellos. Para ello cuentan con la ayuda de una sorprendida forense (Linda Fiorentino).
